公元620年，少林寺十三棍僧助李世民大破王世充，名扬天下。然而战火刚熄，寺内便发生离奇命案：看守地宫的武僧接连暴毙。方丈率弟子入地宫查看，发现历代祖师镇压的并非妖魔，而是一卷《鬼谷子兵阵秘篇》——谁得到它，便能练出无视地形的百战奇兵。消息走漏后，李建成、窦建德余部甚至突厥密探纷纷潜入少林。十三棍僧不得不在守护佛门清静与阻止秘卷祸乱苍生之间做出抉择。而他们不知道的是，真正的“守护者”，其实已经以另一种身份在寺中卧底了整整十年。

比第一部格局更大，不再仅仅是救驾，而是把少林置于天下纷争的漩涡中心。打戏回归到八十年代港片的实打实风格，每场都让人肉疼。文戏也毫不逊色，对“何谓守护”的探讨贯穿始终。