日据末期，阿里山森林被大量砍伐运往日本。高山族邹人部落守护着最后一片红桧巨木群，其中最高的一棵“伊迪古”（意为祖父之树）已有三千年树龄。日本林场课长受到撤退命令，决定在离台前砍倒伊迪古运回天皇宫殿。邹人少年巴苏同时受到来自部落的守树使命、来自林场汉人好友的保护请求、以及来自山中逃兵与山贼组成的“第三势力”的拉拢。战败消息传来的那夜，三股力量在神木下火并。巴苏点燃了自己，与神木一同燃烧，用最惨烈的方式让它永远留在了山上。火光中，日月沉入阿里山。

史诗气质，对邹人文化的考据极为尊重。神木不仅是背景，更是贯穿全片的精神主角。火中殉道那场戏有着古希腊悲剧的力量。高山族歌谣的运用催人泪下，是台湾历史电影的新里程碑。